Inbrottslarmet gick på en butik i Alvik och väktare såg hur gärningsmännen gav sig iväg från platsen i motorbåt.
Polisen tog upp sökandet med helikopter.
De tre männen kunde gripas kort senare i Hallunda i södra Stockholm sedan de bytt flyktfordon från båt till bil.
En förundersökning är inledd på stöld genom inbrott.
