Fartygsbesättningen fick uppgifter från passagerare om att en man saknades och senast hade setts under natten.
När färjan kom in till Nynäshamn mötte polisen upp. Passagerare som lämnade färjan kontrollerades och polisen pratade med bekanta till mannen.
Polisen söker igenom fartyget tillsammans med personal.
I nuläget finns ingenting som tyder på att mannen utsatts för brott.